Son aquellas cuyo hábitat característico está particularmente amenazado, en grave regresión, fraccionado o muy limitado. Su declaración conlleva la redacción de un Plan de Conservación del Hábitat en el que se indiquen así mismo las directrices y medidas necesarias para asegurar su conservación. En esta categoría se encuentran cinco especies, con su Plan de Conservación del Hábitat aprobado:
• Urogallo
• Ostrero euroasiático
• Pico mediano
• Murciélago ratonero grande
• Murciélago ratonero mediano